新中国成立以来，巴彦淖尔的行政区划经过多次调整，政协组织也随之多次变动。第一届政协始于1955年4月10日成立的中国人民政治协商会议甘肃省蒙古自治州委员会，后改名为政协巴音浩特蒙古自治州委员会。当时的巴音浩特蒙古自治州辖磴口、阿拉善右旗和阿拉善左旗等地。同年7月1 4日，中国人民政治协商会议内蒙古自治区河套行政区委员会在陕坝成立。当时河套行政区辖临河县、米仓县、五原县、狼山县、晏江县、安北县和陕坝镇。

1956年7月，国务院决定将甘肃省巴音浩特蒙古自治州和额济纳自治旗合并，成立巴彦淖尔盟，划归内蒙古自治区，辖阿拉善旗、额济纳旗、磴口县和巴音浩特市。政协甘肃省巴彦浩特蒙古自治州委员会改为政协巴彦淖尔盟委员会。1958年4月2日，国务院决定撤销河套行政区，将所辖区域划归巴彦淖尔盟。同年7月，政协巴彦淖尔盟委员会与政协河套行政区委员会合并。巴彦淖尔盟政协历经十届。2003年1 2月，国务院批复同意巴彦淖尔盟撤盟设市。2004年7月，政协巴彦淖尔市委员会成立，迄今已有四届。

巴彦淖尔政协建立伊始只有39名委员，到本届发展为20个界别283名委员，常设机构由最初只有办公室到现在的“一办七委”，政协服务经济社会发展大局能力日益增强，协商民主建设取得了明显成效。64年来，巴彦淖尔政协着力强化自身建设，不断夯实履职基础。新时期，巴彦淖尔市政协将继续全面贯彻落实习近平总书记关于加强和改进人民政协工作重要思想，按照习近平总书记“人民政协要提高政治把握能力、调查研究能力、联系群众能力、合作共事能力”和“政协委员要懂政协、会协商、善议政，守纪律、讲规矩、重品行”的工作要求，树牢“四个意识”、坚定“四个自信”、坚决做到“两个维护”，为巴彦淖尔生态优先、绿色高质量发展做出更大贡献。